根据国务院办公厅印发的《关于进一步加强古籍保护工作的意见》，文献信息中心积极参与由国家古籍保护中心组织的国家一、二级古籍的申报工作，在本批申报的八部古籍中，中心有4部古籍因其版本价值较高入选第二批《国家珍贵古籍保护名录》：
1.明成化九年内府刻本《资治通鉴纲目五十九卷》（名录号：03618）；
2.明正德十一至十四年刘洪慎独斋刻十六年重修本《文献通考三百四十八卷》（名录号：04251）；
3.明徐氏东雅堂刻本《昌黎先生集四十卷外集十卷遗文一卷朱子校昌黎先生集传一卷》 （名录号：05346）；
4.明刻朱墨套印本《韩文公文抄十六卷》（名录号：05361）。
2009年6月11日在北京为第二批《国家珍贵古籍保护名录》和全国古籍重点保护单位颁发了证书。在会议上，刘延东同志对古籍保护两年来的工作给予了充分肯定。也明确要求各级政府和领导机构更加重视古籍保护工作，增加资金和人员的投入，把古籍保护工作提到保护民族文化遗产、增强中国文化软实力的高度。
此次入选《国家珍贵古籍保护名录》，将对改善文献信息中心馆藏古籍文物保护和管理条件，加大馆藏古籍的分层保护、揭示和利用起到推进作用。
